物流科学与工程研究院积极开展国际交流与合作，与斯坦福大学、德国汉堡大学、加州大学河滨分校、加州大学多明格斯山分校、新加坡国立大学、韩国首尔大学、比利时蒙斯大学、釜山大学、葡萄牙里斯本大学学院等建立了广泛的联系与深入的合作。近年选派40余名研究生赴美国欧道明大学、法国南特大学、德国维斯玛应用技术大学、西澳大利亚大学、英国普利茅斯大学、葡萄牙里斯本大学学院等高校交流学习；每年邀请来自美国、德国、比利时、澳大利亚、新西兰、日本、韩国、台湾等地的多位知名教授授课讲学。

并与意大利卡拉布里亚大学、葡萄牙里斯本大学学院签订了关于成立“IOT Technologies Oriented To Smart Port”国际联合实验室的合作协议；代表学校与Yasser Dessouky签署了上海海事大学与美国圣何塞州立大学的合作谅解备忘录，牵头组织了《Computer & Industrial Engineering》特刊等。

同时，通过举办智能制造与物流系统国际会议、 IEEE物联网感知与仪器国际研讨会，承办物流工程与管理国际会议、供应链管理专业协会中国年会等，拓展了国际交流与合作的渠道，推动研究院的国际化合作上新台阶。