物流科学与工程研究院大力推进产学研合作，与中国远洋海运集团有限公司、上海国际港务（集团）股份有限公司、山东省港口集团有限公司、江苏省港口集团集装箱有限公司等航运物流龙头企业，中国物流与采购联合会、中国航海学会、中国港口协会等行业协会，以及上海出入境检验检疫局、上海海事局等政府监管部门建立了长期、稳定的合作关系。