物流科学与工程研究院大力推进产学研合作，与中国远洋海运集团有限公司、上海国际港务（集团）股份有限公司、宝供物流企业集团有限公司、嘉里物流等航运物流龙头企业，中国物流与采购联合会、中国航海学会等行业协会，以及上海出入境检验检疫局等政府监管部门建立了长期、稳定的合作关系。
交通运输部
浙江省海事局
中国石油化工集团公司
上海浦东现代物流行业协会
宁波港股份有限公司
中国远洋海运物流有限公司
上海航运运价交易有限公司
IKEA
ILOG
上海振华重工（集团）股份有限公司
远成集团有限公司
上海博科资讯股份有限公司
上港集团尚东分公司（洋山港四期）
SAP（北京）软件系统有限公司
上海郑明现代物流有限公司
新海丰物流有限公司
上海锦江国际低温物流发展有限公司
航慧（上海）网络科技有限公司
上海惠尔物流有限公司
宝供物流企业集团有限公司
工业互联网创新中心（上海）有限公司
银联商务有限公司
中国物流与采购联合会
青岛港国际股份有限公司
中远集装箱运输有限公司
厦门港务控股集团有限公司
上海外高桥造船有限公司
上海电子口岸网
上海科学技术开发交流中心
ESRI
LANNER
上海综合保税区
南光（集团）有限公司
上港集团物流有限公司
上港集团振东分公司
百联集团
上海港务集团海勃物流软件有限公司
中交第三航务工程勘察设计院有限公司
上海美华系统有限公司
上药控股有限公司
上海安吉通汇汽车物流有限公司
江苏苏钢集团有限公司
宁波大榭招商国际码头有限公司
嘉里物流（中国）投资有限公司
广西北部湾港股份有限公司
