物流科学与工程研究院（简称“物科院”）， 物科院建设立足港航、物流行业，面向社会，以高等物流研究院为发展和定位目标，致力于高质量的科学研究及研究生教育；并提出了科研教学并重的结构定位，即以科研为先导、科研反哺教学，以科研来提高研究生教育质量。坚持高质量发展、坚持创新发展，重点发展物流自动化、信息化、智能化技术，服务于“一带一路”“长江经济带”“上海国际航运中心”和“自贸区新片区”建设等，将物科院发展成在物流领域国内有影响、国际知名的科研教学机构。

物科院下辖物流研究中心、航运技术与智能控制研究中心、智慧港口协同控制研究中心、电气自动化研究所4个科研部门，拥有“上海航运物流信息工程技术研究中心”省部级研究基地。设有“物流工程与管理”博士后流动站，拥有“物流工程与技术”“物流科学与管理”“综合交通运输与智慧物流”3个二级博士点，“管理科学与工程”“控制科学与工程”2个一级硕士点，“综合交通运输与智慧物流”1个二级硕士点；“交通运输"“物流工程与管理”2个专业学位硕士点。现有专业实践基地40余个，其中，产教融合联合培养基地16个。

物科院现有教职工66人，其中正高14人，副高19人，博士48人；国家和省部级人才称号13人，其中教育部新世纪优秀人才1人，上海市领军人才1人，上海市优秀学科带头人1人，曙光学者2人，启明星计划2人，浦江人才3人、上海市晨光计划等3人。